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新冠肺炎疫情發生后，海關總署致函涉及輸華冷鏈食品的105個國家（地區）的主管部門，并與有條件的國家（地區）主管部門召開視頻會議，請其按照聯合國糧食及農業組織（FAO）和世界衛生組織（WHO）發布的相關指南要求，實施有效監管；指導督促輸華食品企業落實FAO和WHO發布的對企業指南，加強員工防護，從源頭上防止新冠病毒污染食品和包裝，保證食品安全管理體系的有效運行。截至9月7日，海關總署與99個國家（地區）召開視頻會議121次，中方的倡議得到了出口國的廣泛支持和響應。
為確保源頭管控措施落實，海關總署加強督促檢查，通過視頻檢查系統對境外主管部門和企業落實FAO和WHO相關指南情況、食品管理體系運行情況進行遠程抽查。每次檢查均要驗證國家（地區）、官方主管部門、企業等三個層面有關防控政策和措施的落實情況，重點關注廠區入口、車間、員工食堂等人員密集的關鍵區域。
截至9月7日，海關總署累計抽查30個國家（地區）的76家肉類、水產品、乳制品、冷凍水果企業。抽查情況看，出口國家（地區）主管部門和企業積極履行承諾，加強源頭管控，嚴防污染風險。但也有部分企業存在員工口罩手套佩戴不規范、洗手時間不夠、消毒處理措施不足等問題，被抽查企業均承諾將積極整改，出口國家（地區）主管部門也表示將督促所有輸華食品企業對照抽查發現的問題進行自查，確保完全符合安全防護有關規定。
此外，針對一些國家（地區）部分輸華冷鏈食品生產企業發生聚集性感染事件等情況，海關總署密切跟蹤境外冷鏈食品企業疫情情況，分析潛在安全風險，及時采取風險防范措施。截至9月7日，海關總署對發生員工感染新冠肺炎的19個國家的56家冷鏈食品企業采取了暫停進口措施，其中有41家企業系自主暫停對華出口。
全國海關對進口冷鏈食品開展新冠病毒風險監測，截至9月7日，共抽樣檢測樣本50多萬個，覆蓋產品樣本、內外包裝樣本、集裝箱內壁等樣本。在這些樣本中，7月3日大連海關和廈門海關從來自厄瓜多爾3家企業1個集裝箱內壁樣本、5個外包裝樣本中檢出新冠病毒核酸陽性，其他樣本均為陰性。
海關總署表示，中國海關將繼續加強與出口國家（地區）主管部門合作，加強源頭管控，嚴防進口包括肉類在內的冷鏈食品生產、加工、儲存、運輸過程中受到新冠病毒及其它有毒有害物質污染，加強口岸風險監測，嚴厲打擊違法行為，保障進口食品安全，同時積極推進貿易便利化。督促進口商落實責任，積極開展境外出口商、境外生產企業審核，嚴禁進口不符合我國法律法規和食品安全國家標準的產品，保障進口食品安全，增強消費者信心。
中國是肉類進口大國。海關總署堅決貫徹落實習近平總書記“四個最嚴”的要求，按照《食品安全法》的規定，以及“預防為主、風險管理、全程控制、國際共治”的原則，推進全鏈條監管，構建國際共治格局，保障進口食品安全。同時，積極推進“放管服”改革，對食品安全管理體系健全、食品安全監管責任落實好的國家（地區），采信其主管部門意見，對其推薦企業予以注冊，通過事后現場檢查、視頻檢查和進口產品口岸抽查，驗證其管理制度持續有效運行。對發現問題的，視問題嚴重程度采取停止采信、取消或暫停其推薦企業的注冊資格，直至暫停對華出口等措施。
截至目前，中國已批準從38個國家（地區）2020家企業進口豬、牛、羊、禽、鹿、馬、驢肉等7種肉類產品。中國進口肉類總量已從2014年的279.2萬噸增至2019年的617.82萬噸，五年來增加了121.28%。今年前8個月進口658萬噸，已超過去年全年進口量。
2019年以來，根據國際動物疫情狀態，海關總署暫停了波蘭禽肉、匈牙利禽肉、愛爾蘭牛肉和哈薩克斯坦羊肉對華出口，對60家履行主體責任不到位的企業采取了取消或暫停注冊資格等措施，并對169批不符合我國食品安全法律法規和食品安全國家標準要求的肉類實施了退運或銷毀處理措施。
