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斷奶仔豬的胃腸道體積和功能發育不全，胃腸道運動機能微弱，小腸絨毛長度、隱窩深度和絨毛面積仍處于發育階段，消化吸收功能較差。同時仔豬斷奶后，口糧由母豬變成了固體飼料，會造成仔豬小腸絨毛磨損，劇烈萎縮，腸粘膜吸收面積降低，影響對營養物資的吸收，容易導致仔豬消化不良而發生腹瀉。
2、胃酸分泌不足
仔豬在哺乳階段，吃的母乳中有乳糖為胃中乳酸菌提供了重要的營養來源，乳酸菌可以分解乳糖產生乳酸補充胃酸，彌補胃酸分泌不足。但仔豬斷奶后由于沒有攝入乳汁，導致胃內無法再獲得乳糖，造成胃內厭氧菌營養院黏性蛋白數量下降，隨之引起乳酸菌數量下降，導致胃內pH值升高，使得消化系統代謝紊亂。
3、消化酶活性低
仔豬斷奶后消化道線體發育尚未完全完善，脂肪酶、蛋白酶、淀粉酶等消化酶分泌較少。同時胃底腺不發達，胃酸分泌少，導致胃內pH值過高（pH只≥4）胃蛋白酶原不能完全激活，造成胃蛋白酶活性很低，不能充分消化飼料中的植物蛋白，造成消化不良，破壞小腸絨毛，導致仔豬腹瀉。
4、腸道微生物菌落紊亂
仔豬斷奶后由于應激和胃內pH值上升，導致有益菌數量減少，改變了仔豬小腸環境，腸道菌落紊亂，導致致病菌吸附在腸絨毛上，分泌毒素侵蝕腸絨毛和腸道表面，破壞腸道的吸收能力，從而導致仔豬腹瀉。
5、引起仔豬斷奶后腹瀉的因素
